In Polysun definiert ein Projekt die Standortangaben und die Verbraucher eines Energiesystems. Zudem enthält es verschiedene Varianten. Ein Projekt kann über die Menüzeile Projekt – Neues Projekt erstellt werden. Mit der Funktion Projekt – Projekt speichern kann das Projekt gespeichert werden.

Eine Variante definiert alle Komponenten und die Verschaltung des Energiesystems. Eine Variante kann über die Menüzeile Variante – Neue Variante erstellen (ab Designer-Stufe) oder über den Reiter Standardvorlagen erstellt werden. Jede Variante kann einzeln simuliert und deren Resultate angezeigt werden. Eine Variante ist immer in ein Projekt eingebettet und kann nur zusammen mit diesem gespeichert werden. In der Regel werden einem Projekt mehrere Varianten hinzugefügt, um diese zu vergleichen und optimieren.

Polysun stellt eine Reihe vorgefertigter Standardvorlagen zur Verfügung. Eine Vorlage definiert (wie eine Variante) ein Energiesystem. Vorlagen können in ein Projekt übernommen werden, sie werden dann als Varianten bezeichnet und können nun verändert und simuliert werden.